Цель Ассоциации - формирование условий стабильного функционирования и развития предприятий, обеспечивающих авиатранспортный комплекс РФ.

Подписывая в октябре 2007 году Указ №1359 «О Федеральном агентстве по обустройству государственной границы Российской Федерации», Президент В.В.Путин был озабочен, прежде всего, наведением порядка на границах и прекращением взаимодействия таможенных органов и бизнес-структур. В функции создаваемого Агентства входило также и обустройство границы, включающее создание, развитие и обеспечение пунктов пропуска и мест пересечения границы.